Der Sitz der Leitung der Flugbetriebe ist Oberpfaffenhofen. Die Flugabteilungen sind auf die Standorte Braunschweig und Oberpfaffenhofen verteilt.
Der Leitung direkt unterstellt sind die Leiter der Flugabteilungen in Braunschweig und Oberpfaffenhofen sowie die Gruppen und Funktionsträger für