Der Einrichtungsleitung sind zwei Zentralgruppen für Finanzen und Logistik in Braunschweig und Oberpfaffenhofen unterstellt. Diese Gruppen bearbeiten alle finanziellen und logistischen Aufgaben, die bei den einzelnen Abteilungen von FX am jeweiligen Standort bearbeitet werden müssen. Als Beispiele seien hier Beschaffungen, Rechnungswesen, Anlagenplanungen, Erstellung von Kalkulationen für Kunden und das FX-Gebäude-Management genannt. Die Konzentration der Sachbearbeiter mit Finanz-Aufgaben in je einer zentralen Gruppe ist deutlich effizienter als die Bearbeitung dieser Bedarfe autark in jeder einzelnen Abteilung bei FX.