Das Institut kooperiert bundesweit mit den verschiedensten Universitäten. Ganz besonders eng ist das Institut mit der TU Braunschweig verbunden, zum einen aufgrund der räumlichen Nähe, zum anderen durch die gemeinsame Berufung des Institutsleiters auf eine W3-Professur für Luftverkehrsführung.
Eine enge Kooperation besteht auch mit dem gleichnamigen Institut (IFF) der TU Braunschweig. Ein Beispiel dafür ist das regelmässig gemeinsam veranstaltete Kolloquium Flugführung, in dem externe Referenten jeweils in Themenschwerpunkten zu verschiedene Themen sprechen.
Darüber hinaus besteht zu einigen Universitäten über bestimmte Fachthemen eine enge Bindung. So etwa zur Universität des Saarlandes (Bereich Spracherkennung), zur TU Delft (Austausch von Studenten mit verschiedensten Fachthemen) oder zur University of Illinois Urbana-Champaign (Bereich „Human Performance Modeling“).