SEQAR ermöglicht auch die Untersuchung und Beurteilung der Auswirkung von Toleranzen und Quantisierungseffekten (z. B. beim Einsatz von digitalen Phasenschiebern) auf die Strahlungscharakteristiken von Antennen. Für Arrays mit defekten Elementen bietet SEQAR ein Verfahren, mit dessen Hilfe die Strahlungseigenschaften nach einem bestimmten Kriterium optimiert werden können.