An Nutzlast kann die Falcon heute ca. 1500 kg für wissenschaftliche Instrumente und Beobachter aufnehmen. Die Instrumente werden teils in Messbehältern unter die Flügel, teils unter den Rumpf gehängt, nutzen den Nasenmast für Turbulenzmessungen und Einlässe zur Analyse der Luftzusammensetzung mit Instrumenten in der Kabine. Am Rumpf lassen sich Antennen montieren. Für Kameras und Lidarsysteme zur Fernmessung hat die Falcon an der Rumpfober- und -unterseite spezielle optische Fenster. Für Mikrowellenantennen kann seitlich ein Fenster durch eine Scheibe ersetzt werden, die für Mikrowellen transparent ist. Für Messungen im fernen Infrarot wird das Meßgerät in einem Fenster druckdicht umbaut, so dass auf die sonst störende Scheibe verzichtet werden kann.
Die Falcon wurde u.a. für Ozon- und Klimaforschung, für die Erforschung der Dynamik von Fronten und anderer meteorologischer Prozesse, der Physik und Chemie in der Troposphäre und Stratosphäre, zur Fernerkundung von Spurengasen in der Stratosphäre und zur Fernerkundung von Bodeneigenschaften eingesetzt. In den letzten Jahren war die Falcon eines der wichtigsten Großforschungsgeräte des DLR zur Erforschung der Auswirkungen der Emissionen aus den Triebwerken von Flugzeugen auf die Zusammensetzung der Atmosphäre