Die wissenschaftlichen Nutzlasten befinden sich auf zwei Orbitern, die den Merkur auf elliptischen polarnahen Bahnen umkreisen werden: dem MPO (Mercury Planetary Orbiter, ESA) sowie dem MMO (Mercury Magnetospheric Orbiter, JAXA). Die Mission dient dazu, bisher ungeklärte Fragen über den Merkur zu beantworten (innerer Aufbau, Magnetfeld u. a.) und Rückschlüsse auf die Entwicklung des Planeten und die Entstehung des Sonnensystems zu ziehen.
Das Institut für Planetenforschung ist u. a. mit der Realisierung des Instruments BELA, dem Laseraltimeter an Bord des MPO, beteiligt.
Folgende wissenschaftliche Ziele sollen durch die BepiColombo Mission erreicht werden:
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