Im MUSC werden zwei Kontrollzentren betrieben, das PHILAE Kontrollzentrum und das Anlagenkontrollzentrum für die Internationale Raumstation (ISS).
Das Kontrollzentrum für die Kometenlandesonde PHILAE hat seinen Betrieb im MUSC am 2. März 2004 mit dem erfolgreichen Start der europäischen Mission ROSETTA aufgenommen. Während des Langzeitfluges der Sonde auf dem ROSETTA Orbiter und der im Jahr 2014 geplanten Kometenlandung ist das Kontrollzentrum verantwortlich für die Steuerung der Sonde und wird die beteiligten Wissenschaftler bei den ferngesteuerten Experimentdurchführungen betreuen.
Die Internationale Raumstation (ISS) ist die größte Forschungsplattform für Experimente unter reduzierter Schwerkraft. Die Bodeninfrastruktur für die wissenschaftliche Nutzung der ISS-Anlagen wird von Europäischen Raumfahrtnutzer-Unterstützungszentren (USOCs) betrieben. Im MUSC entstand mit Schwerpunkt auf die Disziplinen Biowissenschaften und Materialwissenschaften das deutsche USOC für die Forschung unter Schwerelosigkeit auf der ISS. Zudem werden Pilot-Experimente auf Kurzzeit-Missionen durchgeführt, um neue Anlagen-Konzepte zu entwickeln.