Im MUSC in Köln befindet sich das Lander Kontrollzentrum (LCC). Unterstützt von dem wissenschaftlichen Partnerzentrum (Science Operations and Navigation Center - SONC) bei der CNES in Toulouse war das Philae-Team im LCC für die Steuerung und den Betrieb des Philae-Landers verantwortlich. Die Kommandos wurden vom LCC zum europäischen Kontrollzentrum ESOC in Darmstadt geschickt und von dort über die ESA-Bodenstation in New Norcia (Australien) oder Malargüe (Argentinien) zur ROSETTA-Sonde gefunkt. Dabei betrug die Signallaufzeiten (in einer Richtung) etwa eine halbe Stunde. Das Kontrollteam, die Ingenieure und die Wissenschaftler verfolgten und analysierten die Daten ihrer Instrumente über die vom MUSC zur Verfügung gestellten Datensysteme und Kontrolleinrichtungen.
Nach dem geglückten und sehr präzisen Start am 2.3.2004 vom europäischen Raumfahrtzentrum Kourou in Französisch-Guyana war das erste Jahr der Mission von intensiven Tests bestimmt - Subsysteme und Experimente sowohl des Orbiters als auch des Landers wurden geprüft und in ihrem Flugverhalten charakterisiert.
Nach der Inbetriebnahme von Philae wurden weitere Aufgaben der nächsten Jahre vorbereitet: ein naher Vorbeiflug des Orbiters ("swingby") an der Erde und Mars und eine sogenannte Checkout-Phase, in der routinemäßig ein automatischer Selbsttest durchgeführt wird, der in regelmäßigen Abständen bis zur Ankunft am Kometen wiederholt wird, um die Funktionstüchtigkeit aller Instrumente zu überprüfen. Damit gab es die Möglichkeit, eventuelle Auswirkungen von Umweltbelastungen durch den zehnjährigen Flug frühzeitig zu erkennen und notwendige operationelle Korrekturen einzuleiten.
Im Kontrollzentrum stehen weitere Einrichtungen für den operationellen Betrieb der Landesonde zur Verfügung. Ein funktionsidentisches Bodenmodell von Philae ermöglichte das Testen von geplanten Funktionsabläufen und die Verifikation von automatischen Prozeduren. Ein komplexer Softwaresimulator der Landesonde erlaubte das Nachstellen von einzelnen Systemzuständen der Landesonde und bietete den Ingenieuren die Möglichkeit der Optimierung von Softwarekonfigurationen für den wissenschaftlichen Experimentbetrieb auf dem Kometen. Copyright: ESA/Rosetta/MPS for OSIRIS Team Copyright: ESA/Rosetta/Philae/CIVAss Copyright: ESA/Rosetta/Philae/ROLIS/DLR Copyright: ESA/Rosetta/MPS for OSIRIS Team MPS/UPD/LAM/IAA/SSO/INTA/UPM/DASP/IDA Copyright: ESA/Rosetta/Philae/CIVA