Der Flugbetrieb umfasst das Flugbetriebsteam, das in der Vorbereitungsphase ausgebildet wird und für die Überwachung und Kommandierung des Satelliten zuständig ist, die Definition und Implementierung aller notwendigen Prozesse die für die Betriebsdurchführung notwendig sind und die Kontrollrauminfrastruktur. Auch die Flugbetriebsprozeduren werden im Rahmen der Betriebsvorbereitung vom Flugbetriebsteam in Zusammenarbeit mit den Systemingenieuren des Raumsegments erstellt und validiert und während der operationellen Phase weiter gepflegt. In dieser Vorbereitungsphase wird mit Hilfe eines Checkout-Systems die Möglichkeit geschaffen, die verschiedenen Satellitenmodelle für Test- und Validierungszwecke zu verwenden.
Das Flugdynamik System (FDS) ist für die BIROS-Manöverplanung, Bahnbestimmung und Erzeugung von Bahndaten beider Satelliten, Erzeugung von Ausrichtungsdaten für die verschiedenen Bodenstationen, die Bereitstellung von Informationen zu verschiedenen Ereignissen wie Kontakte und Schattenphasen und die Bereitstellung von Bahnelementen für die On-Orbit-Propagatoren zuständig.