Das Integrationslabor ermöglicht die Realisierung von Projekten mit Flughardware. Abhängig von der wissenschaftlichen Fragestellung mit den sich an Bord befindlichen Instrumenten, und dem Zielort des Raumfahrzeuges, werden die Flugmissionen unter unterschiedlich starken Reinheitsgraden montiert. Die Integrationshalle ist der Ort an dem die Mechaniker ein kontinuierliches Training durchlaufen, sowie stetig neue Erfahrungen mit dem Umgang von innovativen Techniken und Prozessen an zukünftige Teams weitergeben. Das Herzstück dieser Halle bildet die Partikel reduzierte Integration, die an den verschiedenen Arbeitsplätzen projektabhängig unterschiedlich sein kann. Arbeiten an Geräten, die Planeten nach der Existenz von Lebensformen durchforschen sollen, unterliegen einem besonderen Schutz vor Kontaminationen durch Organismen oder Viren. So werden beispielsweise Anlagen für eine Marsmission extrem streng überwacht. Hierzu wird in der Integrationshalle ein besonderer Schutzbereich aufgebaut, der durch die Mechaniker nur mit spezieller Schutzkleidung betreten werden darf. Zu den bereits erfolgreich in Bremen abgeschlossenen Missionen gehören: MASCOT, AISat und Insight.