Der Bereich Qualitätsmanagement setzt auf Grundlage der DIN EN ISO 9001:2015 das Managementsystem des Instituts für Luft- und Raumfahrtmedizin um. Zu diesem Zweck werden jährlich interne und externe Audits im Institut organisiert und durchgeführt, die der Überprüfung der bestehenden Prozessabläufe dienen. Um die managementbezogenen Fragestellungen institutsübergreifend zu koordinieren, findet monatlich ein Q-Zirkel statt. Das Institut für Luft- und Raumfahrtmedizin ist nach der internationalen Norm 9001:2015 zertifiziert.