Die beiden Gruppen Projektmanagement in Braunschweig und Oberpfaffenhofen sind dem Einrichtungsleiter unmittelbar unterstellt. In ihnen sind die Projektingenieure zusammengefasst. Die Funktion Projektingenieur wurde bei der Einführung des ATRA 2008 geschaffen. Der Projektingenieur arbeitet als „One-face-to-customer“ bei der Planung und Umsetzung mit dem Nutzer zusammen und koordiniert mit den Abeilungsleitern alle Einzelaktionen bei Entwicklungsbetrieb und Flugbetrieb, die für die Ausführung der Befliegung benötigt werden. Der Projektingenieur betreut alle technischen, terminlichen und betriebswirtschaftlichen Aspekte eines Flugexperiments. Nach den positiven Rückmeldungen durch die Kunden wurden Zug um Zug Projektingenieure auch für die anderen Versuchsträger eingeführt.